Los primeros asentamientos en el término de Artajona se remontan al tercer milenio a.c., con la presencia de dos dólmenes, sepulcros megalíticos conocidos como el “Portillo de Enériz” y “La Mina”.

En la época romana además del núcleo central actualmente ocupado por el pueblo, existían pequeñas viviendas diseminadas por toda la superficie del agro artajonés: Artadía, Elizaldea, Guencelaya. De ésta época se conserva un milario del siglo III d.c., primera fuente escrita hallada de la historia de Artajona.

Las migraciones germánicas en la Alta Edad Media supondrán el final de la vida de algunos núcleos rurales de la población artajonesa y su concentración en torno a la iglesia parroquial de San Juan Bautista, junto al Cerco (actual parroquia de San Pedro).

A finales de siglo XI. La repoblación será inmediata, con un personaje a la cabeza, el canónigo Hugo de Conqués, promotor del crecimiento demográfico y económico de Artajona.
En el siglo XII la villa dará a la sede episcopal de Pamplona dos obispos: Lope de Artajona y Pedro de París. El siglo XIII marcará al priorato artajonés como el más rico de los arciprestazgos de la Ribera y Valdizarbe. Pero las pestes y crisis del siglo XIV redujeron considerablemente su población. Para evitar la desolación total y por sus “buenos servicios” a la Corona, Carlos III el Noble declarará “Buena Villa” y a sus vecinos y habitantes, hombres libres e infanzones, aforándoles al fuero de San Martín de Estella, dándole derecho de asiento en Cortes, y otra serie de favores. A partir de este momento Artajona pasa a ser villa realenga. En el ocaso de la Edad Media, cuando se gestaba por toda Europa los nuevos estados modernos, Navarra verá caer a sus reyes insertándose en la España de los Reyes Católicos, tras un período de guerra civil en los siglos XV y XVI entre agramonteses y beaumonteses, Artajona se hizo agramontesa sufriendo en sus piedras el destrozo de la guerra. Durante la guerra civil cayó bajo señorío de linaje Beaumont.

Sólo al cabo de un pleito de más de un siglo (1621) el Real Consejo del Reino restituyó el rango de “Buena Villa”, incorporando Artajona a la Corona y Patrimonio Real.

Históricamente la economía artajonesa como en la mayoría de las poblaciones navarras ha estado ligada a la agricultura. No obstante el desarrollo que ha vivido la agricultura ha hecho que no sean más de treinta las personas que se dedican exclusivamente a esta labor.

Hoy en día nos encontramos con una economía muy diversificada donde juega un papel importantísimo la ganadería con sus granjas y cebaderos de porcino, vacuno y ovino llegando a la nada despreciable cantidad de más de treinta mil animales. El sector Industrial ha dado un giro, lo que ha hecho que la mano de obra empleada en este sector deba trasladarse a localidades cercanas mayores. Las pequeñas empresas familiares son las que mejor han salido adelante destacando en la elaboración de productos artesanos. No obstante contamos con un sector servicios que emerge con fuerza.

Las fiestas Patronales en honor a la Virgen de Jerusalem comienzan el 7 de septiembre. A la una del medio día el pueblo sufre una mutación. La localidad muy tranquila el resto del año, deja apartados sus líos y rencillas, y se dispone a disfrutar a tope de los nueve días de los que consta dichas fiestas.

Otra fiesta muy popular son los Mercados Medievales que se celebran el último fin de semana de agosto.

Como personaje ilustre de Artajona en los últimos tiempos podemos destacar a José María Jimeno Jurio.

Nació el 13 de mayo de 1927 en el seno de una familia de agricultores de Artajona. Comenzó a trabajar sobre distintos temas de historia, arte y etnografía locales, que darían paso, más adelante, a obras de mayor envergadura. Director de la Biblioteca del barrio pamplonés de San Pedro hasta 1985, inició a partir de entonces el proyecto de recogida de toponimia de la Cuenca de Pamplona, cuyos resultados se han ido publicando en la serie Onomasticon Vasconiae de Euskaltzaindia, de donde formó parte de la Comisión de onomástica.

Desde 1991 dirigió la recogida de la toponimia Navarra habiendo publicado 45 volúmenes. En los últimos años se preocupó por el estudio de la historia del euskera, siendo fruto de ello varios libros y una veintena de artículos. En Eusko Ikaskuntza fue Vicepresidente por Navarra. En 1991 fue nombrado Académico de Honor de la Real Academia de la Lengua Vasca. La Fundación Sabino Arana le dió su premio en el año 1997 y fue premio Manuel Lekuona en 1998.